Plusieurs sites Natura 2000 sont présents, en totalité ou en partie, sur le territoire d'Estérel Côte d'Azur Agglomération, aux côtés du site de L'Estérel :
Le site de « l'embouchure de l'Argens »
L'Embouchure de l'Argens est un site Natura 2000 au titre de la Directive "Habitats". D'une superficie de 1383 hectares, il est composé de 4 entités :
- le site du Conservatoire du Littoral "Etangs de Villepey"
- la plaine agricole de l'Argens
- l'Argens et sa ripisylve
- une partie marine dans le golfe de Fréjus
Trois communes sont intégrées dans son périmètre : Fréjus, Roquebrune-sur-Argens et Puget-sur-Argens.
Son animation est assurée par le service Environnement de la ville de Fréjus.
Le site du « Val d'Argens »
Le site Val d'Argens longe le fleuve Argens sur quasiment 98 kms depuis la limite communale amont de Châteauvert jusqu'à Roquebrune-sur-Argens (20 communes sont concernées par le périmètre). Le périmètre inclut une partie de certains affluents (la Ribeirote, la Cassole, la Bresque, l'Issole, l'Aille et l'Endre notamment) et des zones naturelles abritant des colonies de chauve-souris.
Au total, la surface du site recouvre 12 246 hectares.
Ce site abrite 25 habitats et 18 espèces d'intérêt communautaires.
En phase transitoire, la veille du site sur le territoire de la CAVEM est confiée à l'équipe d'animation Natura 2000 de l'Estérel.
Le site de « La Colle du Rouet »
Le site de « La Colle du Rouet », se situe sur les communes de Callas, La Motte, Le Muy, Seillans, Fayence, Saint-Paul-en-Forêt, Bagnols-en-Forêt, Puget-sur-Argens et Roquebrune-sur-Argens.
Il est désigné au titre de la directive « Oiseaux » en tant que ZSC (Zone Spéciale de Conservation). Sa superficie est de 11600 ha.
Son animation est assurée par la Communauté d'Agglomération Dracénoise.
Le site « Forêt de Palayson, Bois du Rouet »
Il se situe sur les communes de Callas, Le Muy, Seillans, Saint-Paul-en-Forêt, Puget-sur-Argens et Roquebrune-sur-Argens.
Il est désigné au titre de la directive « Habitats » en tant que SIC (Site d'Importance Communautaire) avec une superficie de 5060 ha.
Son animation est également assurée par la Communauté d'Agglomération Dracénoise.
